一是公益性的界定需要明确。《实施意见》将“坚持公立医院公益性的基本定位”确立为首要目标，但对于“什么是公益性”，多年来仅仅只是一个漂亮的名词，也是一个说辞，同时也是“谴责”公立医院的一个口头禅。而怎么体现公益性、如何保障公益性，公立医院怎么做才算坚持了公益性，却没有一个明确而具体的标准。
二是政府“四个责任”与发挥市场机制难以调和。《实施意见》把落实政府的领导责任、保障责任、管理责任、监督责任，与充分发挥市场机制作用均作为改革目标，而且再一次重申要建立维护公益性、调动积极性、保障可持续的运行新机制。这些看起来很冠冕堂皇，但在新医改六年来，始终没有执行好。不是偏左了，就是偏右了，怎么才能找到不偏不倚的中间道路，如何发挥好政府和市场这两只手的作用，感觉很难。一方面政府该管的，没有管好，如落实政府投入责任，多年来的县级公立医院改革文件里，不止一次讲过，要“全面落实政府对县级公立医院符合规划的基本建设和设备购置、重点学科发展、人才培养、符合国家规定的离退休人员费用、政策性亏损，以及承担公共卫生任务和紧急救治、支农、支边公共服务等投入政策”，然而基本上很少有地方政府做到位。一个普遍的认识是政府要是给了投入，就不得不实行收支两条线，总觉得应该对县级公立医院更多管制，似乎手不伸长一点，就对不起这些投入似的。反过来，对药品采购、药品价格放开和医疗服务价格理顺，却一直抓得很紧，迈不开步子。
三是破除以药补医恐落空。《实施意见》明确，2015年，在全国所有县(市)的县级公立医院破除以药补医，2017年，现代医院管理制度基本建立。说句不客气的话，新医改六年多来，在药的问题上，政府可以说下了非常非常大的决心，付出了非常非常多的精力和财政投入。某省一位分管医改的领导，就曾经直言他把大部分精力都用在了医改上，而医改中花精力最多的就是药品。国家为了推行药品集中采购、配送和零差率销售，给了乡村医生、乡镇卫生院大量补助，对县级公立医院也出台了两项补助政策，一是财政投入，二是医疗服务价格调整，企图实现倒逼。然而，医疗服务费用不但没有减少，反而大幅度上升，药品购销领域的商业贿赂反而更加蔓延和猖獗，不管在广度和深度，都在进一步加剧。原因是破除以药补医不是简单的取消公立医院药品加成那么简单。如果没有新的有效的举措，恐怕破除以药补医也是一句空话。
四是建立县级公立医院管理委员会似乎意义不大。《实施意见》在“改革管理体制”方面，首次提出组建县级公立医院管理委员会，对其组成、职责也进行了明确。但总感觉是在公立医院上面又增加一个婆婆，效果如何，有待检验。与此同时，在“落实县级公立医院独立法人地位和经营管理自主权”方面，《实施意见》破天荒第一次做出了明确、具体、全面的概述，规定“县级公立医院执行县级公立医院管理委员会等政府办医机构的决策，具有人事管理权、副职推荐权、绩效工资内部分配权、年度预算执行权等经营管理自主权”，而且要求推进县级公立医院去行政化，逐步取消医院的行政级别。完善县级公立医院院长选拔任用制度，推进院长职业化、专业化建设也被再一次提起。但这些措施能不能落地，还有待观察。
总之，从这一次《实施意见》看，与2012年、2014年两次县级公立医院综合改革意见相比，确实有很大进步，确实能够令人感受到一种新气象，改革方向更加明晰，改革内容更加精准，改革措施更加务实，若能够得到很好落实，按进度安排很好的执行，对于县级公立医院的综合改革，可以说能起到非常不错的效果。但对于一些老大难问题，仍然不可以过于乐观。中央决心已下，考验地方政府的时候到了。
